外國公司成立在台單位，通常有三種型態：子公司、分公司、辦事處。組織型態的選擇，主要與計畫在台從事的活動有關。以下分別介紹三種組織型態適合的應用情況。
一、分公司
分公司是外國總公司設立在台灣的一個分支機構，就像一個部門，與國外總公司屬於同一個法律個體。
優點
分公司最大的優點是，將來盈餘匯回外國總公司時，不需要21%繳納扣繳稅款；如果盈餘不分配，也沒有5%未分配盈餘稅的問題，因為台灣分公司與外國總公司屬於同一個法律個體。
缺點
但分公司的缺點也正是因為他本質上仍屬於外國公司。許多租稅優惠及政府補助，僅提供給台灣公司，並不擴及外國公司。另外，外國公司也需要為台灣分公司的行為負責。
應用
因此，如果已經是一個較成熟的營運模式，預期在台灣的活動將很有可能產生利潤，例如銷售產品、提供技術服務等等，可能選擇分公司可以降低稅務負擔。
二、子公司
優點
因為子公司的本質上是一間台灣公司，所以它的權利義務與一般台灣股東設立的公司大致相同，也有申請租稅優惠與政府補助的資格。
缺點
但子公司的缺點也十分明顯，當盈餘匯回國外母公司時，將產生21%的扣繳稅款；如果盈餘不分配，則需要繳納5%未分配盈餘稅。
應用
因此，如果是一個較新的商業模式、高科技的研發中技術，預期短期內不一定能產生利潤，但想嘗試申請政府補助，則可能選擇子公司較合適。
三、辦事處
辦事處與分公司相同，也是國外總公司設立在台灣的一個分支機構，與國外總公司屬於同一個法律個體。但與分公司不同的是，辦事處的活動範圍相當有限，僅限於溝通聯絡。具體而言，只包括以下四項。如果功能超過以下四項，則必須設立分公司：
✔ 市場調查與分析
✔ 報價、議價、投標
✔ 採購、驗貨
✔ 簽約、連絡窗口
值得一提的是，研發、行銷、後勤支援等活動並不在辦事處的活動範圍內。這些活動雖然不會從外部獲得收入，但在台灣單位理應向集團內部接受這些服務的其他單位收取合理的報酬。這部分屬於移轉訂價議題，在此暫不細談。
優點
辦事處的設立程序簡單，比起設立分公司或子公司，可以避開許多監管。另一方面，辦事處也不需要申報營業稅與所得稅，可以節省大量法令遵循成本。
國稅局對辦事處的查核
因為法規對辦事處的監管相當寬鬆，有時容易遭到濫用。針對這種情況，國稅局可能就以下方面進行查核：
1. 辦事處員工人數
辦事處功能簡單，通常只需3~5位員工。如果台灣辦事處員工人數較多，則可能被認為功能較複雜，涉及更多營業活動。
2. 從國外總公司所收到的資金
通常國外總公司只會支付台灣辦事處員工薪資。如果匯入更多的資金，則可能表示透過辦事處從事更複雜的活動。
3. 公開資訊
例如從台灣辦事處在人力銀行刊登的職缺與徵才資訊，也可以看出台灣分公司真實的活動內容。