可能降低扣繳率的方案
如同前段提到發生扣繳的三要件，處理扣繳問題的方法可以試著朝這三個方向進行。
一、台灣來源所得
如果台灣公司要付給外國公司的錢，不屬於台灣來源所得，就不是所得稅的課稅範圍，當然就不需要扣繳了。但「台灣來源所得」的定義是什麼？如何判斷呢？這時候就要參考「所得稅法第八條規定中華民國來源所得認定原則（以下簡稱「認定原則」）」。例如其中對「外國公司在台灣提供勞務之報酬」這樣定義：
- 提供勞務之行為，全部在台灣境內進行且完成者。
- 提供勞務之行為，需在台灣境內及境外進行始可完成者。
- 提供勞務之行為，在台灣境外進行，惟須經由台灣境內居住之個人或公司之參與及協助始可完成者。
二、應稅所得額
如果已經確定是台灣來源所得，屬於扣繳範圍，則下一個問題是釐清台灣公司所付的錢，也就是外國公司的總收入，裡面有多少是真正與台灣相關的應稅利潤。如果沒有任何主張，則被視為100%台灣來源、100%都是利潤、100%應稅，全額作為扣繳計算的基礎。有幾個常見的主張：
（一）所得稅法第25條（推計所得額）
當外國公司在台灣經營國際運輸、承包營建工程、提供技術服務或出租機器設備等業務，其成本費用分攤計算困難者（即計算利潤有困難），得向財政部申請核准，國際運輸業務按其在中華民國境內之營業收入之百分之十，其餘業務按其在台灣之營業收入之百分之十五為台灣境內之所得額。
（二）列舉成本費用
根據認定原則第15條，外國公司得自取得收入之日起五年內，向國稅局申請減除收入之相關成本、費用，重行計算所得額。稽徵機關可依據該外國公司提示之相關帳簿、文據或其委託會計師之查核簽證報告，核實計算其所得額，並退還溢繳之扣繳稅款。
（三）區分貢獻度
即使屬於台灣來源所得，但如果服務過程一部分在台灣進行、一部分在國外進行，比照全部在台灣進行的情況全額課稅似乎也不太合理。因此根據審查原則第10條，當營業行為同時在台灣境內及境外進行，外國公司如能提供明確劃分境內及境外提供服務之相對貢獻程度之證明文件，如會計師查核簽證報告、移轉訂價證明文件、工作計畫紀錄或報告等，得由稽徵機關核實計算及認定應歸屬於中華⺠國境內之營業利潤。
（四）權利金免稅
根據所得稅法第4條第21款，公司因引進新生產技術或產品，或因改進產品品質，降低生產成本，而使用外國公司之專利權、商標權及各種特許權利，經政府主管機關專案核准者，其所給付外國公司之權利金；暨經政府主管機關核定之重要生產事業因建廠而支付外國公司之技術服務報酬，免納所得稅。
三、租稅協定
台灣目前簽署33個全面性所得稅協定，這些租稅協定通常能適用較低之扣繳率。例如與英國之租稅協定中，針對股利匯回，可將扣繳率由一般情況的 21% 降低為 10%。
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